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果膠酶是水果加工中重要的酶，應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。應用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩定性。并通過掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細胞的超微結構，顯示出單一果膠酶制劑或纖維素酶制劑對南瓜果肉細胞壁的破壞作用遠不如復合酶系。又如張倩等提出了一種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應用前景

果膠酶的應用（根據試驗情況進行調整）      

1、果酒工業：可用于對水果（廣泛應用于蘋果、梨、草莓、山楂、酸棗、檸檬、黑加侖等）果汁的分離澄清，果酒生產按原料的萬分之一至萬分八添加；果汁澄清按原料的萬分之0.2-萬分之一添加。

2、飼料工業：有效降解飼料中存在的非淀粉多糖等抗營養因子，降低食糜粘度，減少的發生；摧毀植物細胞壁結構，內營養物質釋放，提高飼料中營養物質的利用效率；消除抗營養因子對類樣生長因子IGF-I分泌的抑制，促進蛋白質的合成，提高瘦肉率； 抑制有害微生物生長，增加有益菌的數量，維持動物微生物的動態平衡；擴大飼料配方中原料使用種類，充分利用副產品等非常規飼料資源，降低配方成本。

建議添加量 

果膠酶添加量為50—100mg/kg果汁（10kg果汁添加 0.5-1g左右果膠酶），先將酶用少量果汁溶解，再加入全部果汁中，混合均勻40℃靜置處理2-4小時，時間延長至12小時，可以減少至百萬分之一到十萬分之一，請用戶根據小試確定用量。